研究团队可以使用一种新方法来测量和比较不同形式的蛋白质和蛋白质复合物，这有助于揭示藻类基因组在细胞周期中如何受到控制的以前未见过的分子特征。论文“pyMS-Vis，一种用于可视化和研究解卷积自下而上的质谱实验的开源 Python 应用程序：组蛋白蛋白质形式案例研究”最近发表在《分析化学》杂志上。

该研究合作的参与者包括丹佛斯植物科学中心成员兼首席研究员 James Umen 博士、加州圣玛丽学院 (SMC) 副教授 James (Jim) Pesavento 博士、浙江大学求是实验学者周默伟博士和华盛顿州里奇兰能源环境与分子科学实验室视觉蛋白质组学首席科学家 Ljiljana Paša-Tolić 博士。

Umen 实验室以长期研究藻类细胞如何繁殖并分化为不同性别的藻类而闻名。Pesavento 是使用质谱法以极高的精度识别生物分子并量化其丰度的专家。他特别擅长研究一组非常重要的蛋白质，称为组蛋白，这些蛋白质用于包装所有具有细胞核的生物体(包括植物、藻类和人类)中的 DNA。

组蛋白不仅对 DNA 的包装至关重要，而且也带有化学修饰，可作为标记基因位置和是否应表达的信号或路标。这些标记有时被称为表观基因组，因为它们为与其关联的 DNA 添加了额外的信息层。

该领域的一大挑战是确定哪些组蛋白具有哪些化学修饰、这些修饰发生在组蛋白的哪个位置以及它们是否是动态的(在特定条件下添加和去除)。即使使用最先进的质谱仪器和软件，组合可能性也使这项任务变得特别困难。